Mehmet Burak Taşkaya
English

Özgeçmiş

Mehmet Burak Taşkaya · Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Adayı · Bilkent Üniversitesi, Ankara

contact@mehmetburaktaskaya.com · mehmetburaktaskaya.com/tr/cv/

Son güncelleme: İletişim

Eğitim

  1. Doktora, Moleküler Biyoloji ve Genetik

    Bilkent Üniversitesi, Ankara

    – günümüz

    Danışman: Dr. Öğr. Üyesi Onur Çizmecioğlu. Tam burs. Yazılı ve sözlü yeterlik sınavını geçtim.

  2. Lisans, Moleküler Biyoloji ve Genetik

    Acıbadem Üniversitesi

    –

    Tam burs. Doç. Dr. Erkan Mozioğlu danışmanlığında bitirme projesi: Decoding Sequence Patterns and Conserved Motifs in Housekeeping Gene Upstream Regions: Unveiling Deeper Implications in Escherichia coli.

Araştırma deneyimi

  1. Doktora adayı

    Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

    – günümüz

    Pediatrik böbrek gelişim bozukluklarıyla ilişkili iki genin böbrek epitel hücre hatlarında işlevsel analizi.

  2. Proje stajyeri

    Mayack Lab, Sabancı Üniversitesi

    –

    Bal arılarında RNA ifade dinamikleri ve transkripsiyon sonrası düzenleme. Deney tasarımına yardımcı oldum.

    Danışman: Dr. Öğr. Üyesi Christopher Mayack.

  3. Stajyer öğrenci

    Acıbadem Üniversitesi

    –

    SARS-CoV-2 varyantlarının tükürük örneklerinde analizi ve mikrobiyom analizi.

    Yöntemler: DNA ve RNA izolasyonu, cDNA kütüphanesi hazırlama ve RT-PCR.

    Danışman: Prof. Dr. Uğur Sezerman.

  4. Lisans öğrencisi araştırmacı

    Acıbadem Üniversitesi

    –

    Bakteriyofaj kültürü, bakteriyel çoğunluk algılama (quorum sensing) ve biyofilm oluşumu üzerine laboratuvar çalışmaları. Plazmit transformasyonunun ardından suşlar arasında protein ifadesini karşılaştırdım; çalışma viral transkripsiyon faktörlerini de kapsıyordu. Bu dönem, Haz 2022 – Tem 2022 arasındaki bir yaz stajını da içeriyordu.

    Yöntemler: DNA izolasyonu, plazmit saflaştırma, SDS-PAGE, agaroz jel elektroforezi ve PCR.

    Danışman: Doç. Dr. Erkan Mozioğlu.

  5. Stajyer öğrenci

    Acıbadem Üniversitesi

    –

    R ve Python ile protein ve amino asit veri tabanlarını iyileştirip değerlendirdim; protein kararlılığı veri setlerini karşılaştırmak için bir kararlılık tahmin algoritması oluşturdum.

    Danışman: Prof. Dr. Emel Timuçin.

  6. Stajyer öğrenci

    Bezmialem Vakıf Üniversitesi Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü

    –

    Çok ilaca dirençli tüberkülozda (MDR-TB) antibiyotik direncine ilişkin protein mekanizmaları üzerine in silico bir öğrenci projesinde çalıştım ve sunumunu yaptım.

    Yöntemler: giriş düzeyinde moleküler kenetlenme (docking) ve görselleştirme (AutoDock Tools, Easy Dock Vina, Discovery Studio ve PyMOL).

    Danışman: Prof. Dr. Mohammad Asif Khan.

Öğretim ve mentorluk

  1. Ders asistanı, MBG 338 Mikrobiyoloji Laboratuvarı

    Bilkent Üniversitesi

    Bahar 2025, Bahar 2026

    Dönem başına yaklaşık 50–60 öğrenci.

  2. Laboratuvarda stajyerlere rehberlik

    Bilkent Üniversitesi

    –günümüz

Ödüller ve burslar

Beceriler

Laboratuvar

  • Klonlama ve bölgeye yönelik mutagenez
  • Plazmit transformasyonu
  • Plazmit saflaştırma
  • Koloni taraması ve Sanger dizilemesiyle doğrulama
  • Memeli hücre kültürü (HEK293, böbrek epitel hücre hatları)
  • Transfeksiyon
  • DNA izolasyonu
  • RNA izolasyonu
  • cDNA kütüphanesi hazırlama
  • PCR
  • RT-PCR
  • Agaroz jel elektroforezi
  • Protein ekstraksiyonu ve BCA ile miktar tayini
  • SDS-PAGE
  • Western blot
  • Bakteriyofaj kültürü
  • Çoğunluk algılama ve biyofilm oluşumu çalışmaları

Hesaplamalı

  • RNA-seq analizi (Salmon, DESeq2)
  • Yolak zenginleştirme analizi (clusterProfiler, KEGG)
  • Metabolomik (MetaboAnalystR)
  • Çoklu omik entegrasyonu
  • Protein kararlılığı tahmini
  • Giriş düzeyinde moleküler kenetlenme (AutoDock Tools, PyMOL)
  • IBM SPSS Statistics

Programlama

  • Python
  • R/Bioconductor
  • SQL

Mesleki gelişim

Diller

Sosyal etkinlikler